西历1999年,一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现,这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类,在地球以外还有其他高智慧的生物存在,而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍,以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系,成立整合世界现有国家的单一人类政府,并开始重建这艘代号为ASS-1(Alien Star Ship-1)的外星太空船。重建的10年期间,虽然决定组成地球统合宇宙军,但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行,直至战争结束,地球恢复平静,这艘ASS-1终于重建完成,并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天,马克罗斯突然失控自动发射主炮……