西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建
After War（A.W.）15年，舞台在人类和地球受到毁灭性破坏的大战──第7次宇宙战争后荒废的地球。由于战争成为孤儿的主角卡洛特以回收和夺取MS为生计。一天受到委托，内容是希望夺回被绑架到菲利丁战舰上的少女蒂法。对蒂法一见钟情的卡洛特，因为蒂法见到委托人时的胆怯模样而带着她一起逃走。在蒂法的引导下，卡洛特找到了传说的MS“高达 X”。2人历经几番曲折，和菲利丁战舰舰长贾米尔一起踏上旅程寻找被称为“Newtype”的人们。
