在未来世界，人类移民宇宙并成立了「宇宙行星联合」。为监察星球间的贸易和关税，以及打击相关犯罪，特别设立「银河商业关税组织」（Galactic Organization of Trade and Tariffs，简称GOTT）。 ES Member是「Encounter of Shadow work Member」的简称。拥有各种特殊能力的干员，通常由两人一组执行勤务，其特殊能力强弱依序分G、S、C等级。本作的两位主角，艾克莱尔和琉米艾尔就是从属于GOTT的ES Member。 失去部分记忆的主人公
所谓SEED，全写为Superior Evolutionary Element Destined-factor，即“高度进化要素遗传因子”。C.E.70年，由于“血腥情人节”惨剧的发生，地球方面与P.L.A.N.T.爆发了持续近一年的战争。主角基拉·大和所在的殖民卫星“赫立奥波利斯”（Heliopolis）突遭儿时好友亚斯兰·萨拉（Athrun Zala）所属的Z.A.F.T.特殊部队进攻，二位男主角的重遇成为故事的开端。P.L.A.N.T.在“血腥情人节”后发动的独立战争，其战略为先将“中子干扰器”散布
