After War(A.W.)15年,舞台在人类和地球受到毁灭性破坏的大战──第7次宇宙战争后荒废的地球。由于战争成为孤儿的主角卡洛特以回收和夺取MS为生计。一天受到委托,内容是希望夺回被绑架到菲利丁战舰上的少女蒂法。对蒂法一见钟情的卡洛特,因为蒂法见到委托人时的胆怯模样而带着她一起逃走。在蒂法的引导下,卡洛特找到了传说的MS“高达 X”。2人历经几番曲折,和菲利丁战舰舰长贾米尔一起踏上旅程寻找被称为“Newtype”的人们。
在那场名为“Hammer of Eden”的小行星撞击之后,地球失去了60亿人口和90%的陆地。在一个建造在核能航母上的小镇里,爱慕着雕金师伊丝拉的14岁活泼少年基路,一直与自己的养母——前联合国事务总长葵心存隔阂。这个不甘心于现状的少年的命运,因为核潜艇尤里西斯的出现而彻底改变。对基路来说,这既是一场绝大的考验,也是他成长旅程的开始……