所谓SEED，全写为Superior Evolutionary Element Destined-factor，即“高度进化要素遗传因子”。C.E.70年，由于“血腥情人节”惨剧的发生，地球方面与P.L.A.N.T.爆发了持续近一年的战争。主角基拉·大和所在的殖民卫星“赫立奥波利斯”（Heliopolis）突遭儿时好友亚斯兰·萨拉（Athrun Zala）所属的Z.A.F.T.特殊部队进攻，二位男主角的重遇成为故事的开端。P.L.A.N.T.在“血腥情人节”后发动的独立战争，其战略为先将“中子干扰器”散布
