在未来世界，人类移民宇宙并成立了「宇宙行星联合」。为监察星球间的贸易和关税，以及打击相关犯罪，特别设立「银河商业关税组织」（Galactic Organization of Trade and Tariffs，简称GOTT）。 ES Member是「Encounter of Shadow work Member」的简称。拥有各种特殊能力的干员，通常由两人一组执行勤务，其特殊能力强弱依序分G、S、C等级。本作的两位主角，艾克莱尔和琉米艾尔就是从属于GOTT的ES Member。 失去部分记忆的主人公
高中毕业后，因为游泳而互相牵绊的遥等人朝着不同的方向前进。遥在东京，与曾经一同游过接力的椎名旭相遇了。唤醒了中学时代记忆的遥，心中苏醒的是“那时”的郁弥的身影。和遥一起前往东京的真琴，开始朝着新的梦想前进。来到悉尼的凛，在新的天地实现了意外的相遇。在各自的未来中等待着他们的，是新的战斗吧。还是，与残留的过去的记忆对峙……？小学生、初中生、高中生——然后是大学生。遥和朋友们在水中编织出的关于友情和青春的故事在《Free!-Dive to the Future-》中相互交融！
